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cyto-dl 0.4.4 documentation
cyto-dl 0.4.4 documentation

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  • Home
  • Installation
  • Modifying the Example Configs
  • Using the API
  • Package modules
    • cyto_dl package
      • cyto_dl.api package
        • cyto_dl.api.cyto_dl_model package
          • cyto_dl.api.cyto_dl_model.cyto_dl_base_model module
          • cyto_dl.api.cyto_dl_model.segmentation_plugin_model module
        • cyto_dl.api.data module
        • cyto_dl.api.model module
      • cyto_dl.callbacks package
        • cyto_dl.callbacks.callback_utils module
        • cyto_dl.callbacks.csv_saver module
        • cyto_dl.callbacks.image_saver module
        • cyto_dl.callbacks.latent_walk module
        • cyto_dl.callbacks.layer_freeze module
        • cyto_dl.callbacks.model_utils module
        • cyto_dl.callbacks.outlier_detection module
      • cyto_dl.dataframe package
        • cyto_dl.dataframe.transforms package
          • cyto_dl.dataframe.transforms.filter module
          • cyto_dl.dataframe.transforms.group_cols module
          • cyto_dl.dataframe.transforms.misc module
          • cyto_dl.dataframe.transforms.split module
        • cyto_dl.dataframe.readers module
      • cyto_dl.datamodules package
        • cyto_dl.datamodules.dataframe package
          • cyto_dl.datamodules.dataframe.dataframe_datamodule module
          • cyto_dl.datamodules.dataframe.grouped_dataframe_datamodule module
          • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
        • cyto_dl.datamodules.array module
        • cyto_dl.datamodules.data_dict module
        • cyto_dl.datamodules.folder module
        • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
        • cyto_dl.datamodules.smartcache module
        • cyto_dl.datamodules.torchvision module
      • cyto_dl.image package
        • cyto_dl.image.io package
          • cyto_dl.image.io.aicsimage_loader module
          • cyto_dl.image.io.monai_bio_reader module
          • cyto_dl.image.io.numpy_reader module
          • cyto_dl.image.io.ome_zarr_reader module
          • cyto_dl.image.io.polygon_loader module
          • cyto_dl.image.io.skimage_reader module
        • cyto_dl.image.transforms package
          • cyto_dl.image.transforms.add_meta module
          • cyto_dl.image.transforms.bright_sampler module
          • cyto_dl.image.transforms.clip module
          • cyto_dl.image.transforms.contrastadjust module
          • cyto_dl.image.transforms.crop_to_seg module
          • cyto_dl.image.transforms.generate_jepa_masks module
          • cyto_dl.image.transforms.merge module
          • cyto_dl.image.transforms.multiscale_cropper module
          • cyto_dl.image.transforms.pad module
          • cyto_dl.image.transforms.project module
          • cyto_dl.image.transforms.rotation_mask_transform module
          • cyto_dl.image.transforms.save module
          • cyto_dl.image.transforms.so2_random_rotation module
          • cyto_dl.image.transforms.track_transforms module
      • cyto_dl.loggers package
        • cyto_dl.loggers.mlflow module
      • cyto_dl.models package
        • cyto_dl.models.classification package
          • cyto_dl.models.classification.classification module
          • cyto_dl.models.classification.timepoint_classification module
        • cyto_dl.models.contrastive package
          • cyto_dl.models.contrastive.contrastive module
        • cyto_dl.models.handlers package
          • cyto_dl.models.handlers.base_handler module
          • cyto_dl.models.handlers.image_handler module
          • cyto_dl.models.handlers.load_image_patch module
        • cyto_dl.models.im2im package
          • cyto_dl.models.im2im.utils package
            • cyto_dl.models.im2im.utils.postprocessing package
              • cyto_dl.models.im2im.utils.postprocessing.act_thresh_label module
              • cyto_dl.models.im2im.utils.postprocessing.auto_thresh module
              • cyto_dl.models.im2im.utils.postprocessing.dict_to_im module
            • cyto_dl.models.im2im.utils.instance_seg module
            • cyto_dl.models.im2im.utils.noise_annealer module
          • cyto_dl.models.im2im.gan module
          • cyto_dl.models.im2im.multi_task module
        • cyto_dl.models.jepa package
          • cyto_dl.models.jepa.ijepa module
          • cyto_dl.models.jepa.iwm module
          • cyto_dl.models.jepa.jepa_base module
        • cyto_dl.models.utils package
          • cyto_dl.models.utils.mlflow module
          • cyto_dl.models.utils.utils module
        • cyto_dl.models.vae package
          • cyto_dl.models.vae.o2_spharm_vae package
            • cyto_dl.models.vae.o2_spharm_vae.o2_spharm_encoder module
            • cyto_dl.models.vae.o2_spharm_vae.o2_spharm_vae module
          • cyto_dl.models.vae.priors package
            • cyto_dl.models.vae.priors.abstract_prior module
            • cyto_dl.models.vae.priors.gaussian module
            • cyto_dl.models.vae.priors.identity_prior module
            • cyto_dl.models.vae.priors.joint_prior module
          • cyto_dl.models.vae.base_vae module
          • cyto_dl.models.vae.image_canon_vae module
          • cyto_dl.models.vae.image_encoder module
          • cyto_dl.models.vae.image_vae module
          • cyto_dl.models.vae.latent_loss_vae module
          • cyto_dl.models.vae.point_cloud_vae module
          • cyto_dl.models.vae.tabular_vae module
        • cyto_dl.models.base_model module
        • cyto_dl.models.basic_model module
      • cyto_dl.nn package
        • cyto_dl.nn.discriminators package
          • cyto_dl.nn.discriminators.multi_scale_discriminator module
          • cyto_dl.nn.discriminators.n_layer_discriminator module
        • cyto_dl.nn.head package
          • cyto_dl.nn.head.base_head module
          • cyto_dl.nn.head.gan_head module
          • cyto_dl.nn.head.gan_head_superres module
          • cyto_dl.nn.head.mae_head module
          • cyto_dl.nn.head.mask_head module
          • cyto_dl.nn.head.res_blocks_head module
          • cyto_dl.nn.head.vic_reg module
        • cyto_dl.nn.losses package
          • cyto_dl.nn.losses.adversarial_loss module
          • cyto_dl.nn.losses.chamfer_loss module
          • cyto_dl.nn.losses.continuous_bernoulli module
          • cyto_dl.nn.losses.cosine_loss module
          • cyto_dl.nn.losses.gan_loss module
          • cyto_dl.nn.losses.gaussian_nll_loss module
          • cyto_dl.nn.losses.geomloss module
          • cyto_dl.nn.losses.loss_wrapper module
          • cyto_dl.nn.losses.spharm_loss module
          • cyto_dl.nn.losses.threshold_loss module
          • cyto_dl.nn.losses.vic_reg module
          • cyto_dl.nn.losses.weibull module
          • cyto_dl.nn.losses.weighted_mse_loss module
        • cyto_dl.nn.point_cloud package
          • cyto_dl.nn.point_cloud.dgcnn module
          • cyto_dl.nn.point_cloud.folding_net module
          • cyto_dl.nn.point_cloud.graph_functions module
          • cyto_dl.nn.point_cloud.vnn module
        • cyto_dl.nn.vits package
          • cyto_dl.nn.vits.blocks package
            • cyto_dl.nn.vits.blocks.patchify package
              • cyto_dl.nn.vits.blocks.patchify.patchify module
              • cyto_dl.nn.vits.blocks.patchify.patchify_base module
              • cyto_dl.nn.vits.blocks.patchify.patchify_hiera module
            • cyto_dl.nn.vits.blocks.cross_attention module
            • cyto_dl.nn.vits.blocks.intermediate_weigher module
            • cyto_dl.nn.vits.blocks.masked_unit_attention module
          • cyto_dl.nn.vits.decoder module
          • cyto_dl.nn.vits.encoder module
          • cyto_dl.nn.vits.mae module
          • cyto_dl.nn.vits.predictor module
          • cyto_dl.nn.vits.seg module
          • cyto_dl.nn.vits.utils module
        • cyto_dl.nn.hr_skip module
        • cyto_dl.nn.mlp module
        • cyto_dl.nn.res_unit module
        • cyto_dl.nn.spatial_transformer module
        • cyto_dl.nn.track_sequence_predictor module
      • cyto_dl.point_cloud package
        • cyto_dl.point_cloud.io package
          • cyto_dl.point_cloud.io.read_pcloud module
      • cyto_dl.utils package
        • cyto_dl.utils.spharm package
          • cyto_dl.utils.spharm.reconstruction module
          • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
        • cyto_dl.utils.array module
        • cyto_dl.utils.checkpoint module
        • cyto_dl.utils.config module
        • cyto_dl.utils.download_test_data module
        • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
        • cyto_dl.utils.pylogger module
        • cyto_dl.utils.rich_utils module
        • cyto_dl.utils.rotation module
        • cyto_dl.utils.template_utils module
      • cyto_dl.compile module
      • cyto_dl.eval module
      • cyto_dl.train module
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Submodules#

  • cyto_dl.loggers.mlflow module
    • MLFlowLogger
      • MLFlowLogger.after_save_checkpoint()
      • MLFlowLogger.log_hyperparams()
      • MLFlowLogger.log_metrics()
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