cyto_dl package

Subpackages

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    • cyto_dl.api.model module
      • CytoDLModel
• cyto_dl.callbacks package
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    • cyto_dl.callbacks.callback_utils module
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      • CSVSaver
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      • LayerFreeze
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    • cyto_dl.callbacks.outlier_detection module
      • OutlierDetection
• cyto_dl.dataframe package
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      • Submodules
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      • filter_columns()
      • read_csv()
      • read_dataframe()
      • read_h5ad()
      • read_parquet()
• cyto_dl.datamodules package
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    • cyto_dl.datamodules.dataframe package
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      • make_array_dataloader()
    • cyto_dl.datamodules.data_dict module
      • make_data_dict_dataloader()
    • cyto_dl.datamodules.folder module
      • make_folder_dataloader()
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      • MultiDimImageDataset
      • make_multidim_image_dataloader()
    • cyto_dl.datamodules.smartcache module
      • SmartcacheDatamodule
    • cyto_dl.datamodules.torchvision module
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      • BasicModel
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      • HRSkip
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      • MLP
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      • ResidualUnit
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      • ConvPoolReLU
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    • cyto_dl.nn.track_sequence_predictor module
      • TrackClassifier
      • positionalencoding1d()
• cyto_dl.point_cloud package
  • Subpackages
    • cyto_dl.point_cloud.io package
      • Submodules
• cyto_dl.utils package
  • Subpackages
    • cyto_dl.utils.spharm package
      • Submodules
  • Submodules
    • cyto_dl.utils.array module
      • create_dataloader()
      • extract_array_predictions()
    • cyto_dl.utils.checkpoint module
      • load_checkpoint()
    • cyto_dl.utils.config module
      • is_config()
      • kv_to_dict()
      • remove_aux_key()
    • cyto_dl.utils.download_test_data module
      • delete_test_data()
      • download_test_data()
      • parse_s3_path()
      • setup_paths()
    • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
      • DummyDatamodule
      • DummyDataset
    • cyto_dl.utils.pylogger module
      • get_pylogger()
    • cyto_dl.utils.rich_utils module
      • enforce_tags()
      • print_config_tree()
    • cyto_dl.utils.rotation module
      • RotationModule
      • get_rotation_matrix_so2()
      • get_rotation_matrix_so3()
    • cyto_dl.utils.template_utils module
      • close_loggers()
      • extras()
      • get_metric_value()
      • instantiate_callbacks()
      • instantiate_loggers()
      • log_hyperparameters()
      • save_file()
      • task_wrapper()

Submodules

• cyto_dl.compile module
• cyto_dl.eval module
  • main()
• cyto_dl.train module
  • main()